1. إدارة حرس الحدود:
تعنى بسلامة حدود سوريا البرية والبحرية وتكافح الأنشطة غير القانونية عبرها بالتنسيق مع دول الجوار
2. إدارة المهام الخاصة:
تتألف من عدة وحدات ذات تدريب عال ومواصفات مميزة لأفرادها لمواجهة أي مخاطر من قبل محدثي الشغب وأي احتجاز رهائن.
3. إدارة الحماية والأمن الدبلوماسي:
تعنى بتأمين المنشآت الحيوية والمرافق الحكومية والبعثات الدبلوماسية والشخصيات الرفيعة.
4. إدارة السجون والإصلاحيات:
تعنى بتكريس مبادئ حقوق الإنسان، وإعادة تأهيل السجين ليعود فرداً نافعاً لنفسه، ولمجتمعه، وتقويم السلوك مع حفظ كرامة السجين وضمان حقوقه.
5. إدارات متخصصة للشكاوى والمحاسبة:
تعنى بمتابعة الأخطاء ومحاسبة التجاوزات المسلكية ضمن 5 دوائر مركزية إضافة الى تطبيق خاص بالشكوى سيتم إطلاقه قريباً.
6. قيادة الأمن الداخلي (دمج الشرطة والأمن العام):
يرأسها قائد واحد يمثل وزير الداخلية في المحافظة وتتبع له عدة مديريات في المناطق وسيكون عدد قيادات الأمن متناسباً مع عدد المحافظات.
7. إدارة المباحث الجنائية (تغيير مسمى الأمن الجنائي):
سيكون ملف مكافحة الجرائم الإلكترونية والابتزاز من ضمن اختصاصاتها.
8. إدارة مكافحة الاتجار بالبشر:
تقوم على مكافحة شبكات الدعارة وتهريب البشر والاتجار بالأعضاء، والتسول وغيرها.
9. إدارة مكافحة الإرهاب:
تعنى بمكافحة التهديدات الأمنية داخل سوريا وتكون على تنسيق عال مع جهاز الاستخبارات العامة.
10. أكاديمية العلوم الأمنية:
تعنى بتزود الوزارة بالكفاءات العالية والأبحاث العلمية الدقيقة التي تسهم في تطوير عملها.